如前所述，亲告罪的存在已经成为整个罪名体系中的一座孤城，虽然尚可守卫，但城里的日子却并不好过。这种不好过首先表现在追诉的困境，而这又要归结于刑诉法的不配套。

我国刑事诉讼法将告诉才处理的案件一律规定为自诉案件，而自诉案件的证明责任一律由被害人承担。这实际上是公权力不适当退出刑事诉讼程序，将本应由国家承担的诸多责任不恰当地转嫁给了被害人。刑事诉讼是一个复杂的过程，国家机关凭借其资源的丰富性、人员的专业性、手段的强制性等优势方能较好地应对。但这些优势恰恰是被害人所不具备的，要求被害人承担举证责任，恐有强人所难之嫌。即使是案情简单的案件，被害人也面临着案件是否属于刑事案件、是否属于自诉案件、如何调查取证、如何确保被告人到案、如何应对被告人的恶意阻碍等一系列问题。这些问题导致被害人在进行追诉时需要投入大量时间、经济等成本，被害人在对追诉的利益和成本进行权衡时，可能因成本过高而放弃追诉，导致被害人放弃追诉的自愿性和真实性得不到保证。亲告罪设置的本意是将是否追诉的权利交由被害人行使，但在我国目前的刑事诉讼程序下，一旦被害人选择追诉，却面临举证不能等问题。公权力机关有追诉能力而无追诉权，被害人有追诉权而无追诉能力，其结果往往是犯罪得不到追诉，被害人权益无法得到保障。我国刑法第98条规定：如果被害人因受强制、威吓无法告诉的，人民检察院和被害人的近亲属也可以告诉。该条赋予了检察机关在特定条件下提起公诉的权力，但这种情形极为罕见，于实践影响不大。

那么，这一问题是如何产生的呢？从我国刑事诉讼法的发展来看，亲告罪追诉困难是由我国审判模式变化导致的。1996年以前，我国刑事审判采取的是超职权主义模式。在超职权主义模式下，法院不仅是裁判者，还是调查者。我国1979年《刑事诉讼法》第126条规定：缺乏罪证的自诉案件，如果自诉人提不出补充证据，经人民法院调查又未能收集到必要的证据，应当说服自诉人撤回自诉，或者裁定驳回。在此情况下，法院分担了被害人的证明责任，亲告罪的司法困境也就不存在。但是这种超职权主义模式严重违背了法院的中立性原则，已经被新的《刑事诉讼法》所舍弃。然而《刑事诉讼法》在审判模式改革的同时却忽略了亲告罪追诉程序的跟进，从而造成了亲告罪追诉的困境。

从根本上讲，亲告罪追诉的困境是由对亲告罪的根本价值把握不准确，不能正确区分亲告罪和自诉的界限导致的。刑法对亲告罪的表述是“告诉才处理”，而“告诉”在语义上既可以是向法院告诉，也可以是向公安机关或检察机关告诉。这里的“告诉”既可能具有起诉的效力，也可能只是侦查机关立案侦查的缘由或追究犯罪人刑事责任的前提。刑事诉讼法一方面将“告诉才处理”全部纳入自诉案件范围，另一方面又通过管辖制度将自诉案件交由法院受理，实际上将“告诉”限定为了向法院告诉，排除了公安机关和检察机关介入的可能。而在其他国家和地区，亲告罪与自诉也没有必然的联系，自诉只是对亲告罪进行追诉的方式之一。

亲告罪的目的在于尊重被害人意志，赋予被害人权衡利弊、自由选择是否追诉的权利。因此围绕亲告罪的一切程序设计都必须以保障被害人选择权能够实现为前提，也即如果被害人放弃追诉，公权力机关不得干预，如果被害人选择追诉，亲告罪的程序设计必须能够保障被害人的追诉权得以实现。如果不能实现这一要求，那么立法无异于打着维护被害人权益的幌子而间接强迫被害人放弃自己的权益，刑事诉讼法“保障刑法正确实施”的立法目的也就无从实现。